Pur trovando collocazione in uno spazio "aperto”, il Museo è stato idealmente suddiviso in quattro sale virtuali, dove è possibile scoprire le trasformazioni delle tecniche della pesca dalla preistoria ai giorni nostri e che polarizzano l’attenzione su due momenti fondamentali per la storia del lago: la cristianizzazione e la costruzione del nuovo emissario. Le sale sono denominate ciascuna con una fase della giornata che scandisce il lavoro del pescatore: alba, mezzogiorno, pomeriggio e sera. Lungo il percorso espositivo si trovano cinque acquari che ospitano alcune specie di pesci presenti nel museo:
Acquario A – Alborella e Scardola
Acquario B - Tinca
Acquario C - Persico Sole
Acquario D – Persico Reale e Persico Trota
Acquario E – Carpa Regina
La struttura museale dispone di:
una sala video e multimediale dalla caratteristica forma a "barcone”, dove le assi dell’imbarcazione si trasformano in sedute per diventare luogo speciale per incontri e proiezioni
un’aula didattica per la realizzazione di laboratori con le scuole
sale espositive che, oltre alle sezioni fisse del Museo, ospitano periodicamente mostre storico-documentarie riguardanti particolari momenti della storia del lago e della pesca
un bookshop tematico dove si possono acquistare pubblicazioni relative agli studi compiuti su ogni aspetto della realtà del Trasimeno