Fatta costruire da Giovanni Battista Angelini Bassi, la prima pietra della chiesa di S. Giovanni Battista fu posta il 20 giugno 1763 dal parroco di Sant’Arcangelo, don Girolamo Tramontani, dopo che lo stesso aveva benedetto le fondamenta e la pietra. In ciò fu assistito dal cappellano di S. Maria d’Ancaelle, don Alessandro Corneli. È curioso notare come sotto la pietra benedetta si collocò un mattone incavato nel quale si mise «un Agnus Dei di cera ed una medaglia d’ottone con l’impronta … di S. Giovanni Battista che battezza il Signore» da una parte, mentre dall’altra vi era «l’immagine di Maria SS.ma e l’Angelo Gabriele». A costruire l’edificio sacro furono muratori della locale comunità «sotto la direzione di Bartolomeo Bartoccini, capomastro di Perugia». Il 19 agosto di quello stesso anno i lavori erano terminati e il 19 ottobre anche l’altare era ultimato e sopra di esso si collocò un dipinto di Antonio Maria Garbi, datato 1763 e raffigurante «la Sacra Famiglia con il Bambino Gesù che benedice il piccolo S. Giovanni Battista presentato da S. Anna». Dopo neanche cinque mesi dalla data d’inizio dei lavori, il 10 novembre, il vescovo di Perugia Filippo Amadei benedì la chiesa e vi celebrò la prima messa. Il presule perugino concesse anche «l’indulgenza di 40 giorni a coloro che, visitando la chiesa» avessero recitato tre Ave Maria. Il «frate francescano Giovanni Battista da Volterra, guardiano del convento di S. Antonio di Paciano Vecchio», sempre nel 1763 realizzò per la chiesa una via crucis che purtroppo è andata perduta.